Yönetim kurulu, kooperatifi temsil ve idare eden organ olması nedeniyle, kooperatifin vergi ve sigorta ile ilgili yükümlülüklerini titizlikle takip ederek usulüne uygun olarak yerine getirmekle mükelleftir.
1.Kooperatif ve üst kuruluşlarının gerek birbirlerinden gerekse kendi ortaklarından aldıkları faiz ve komisyonlar ile ortaklarına kefalet etmeleri dolayısıyla bunlardan aldıkları paralar banka ve sigorta muameleleri vergisinden muaftır.
2.Kooperatif ve üst kuruluşların, gerek kuruluş sırasında ve gerekse faaliyeti devam ettiği sürece tutulması zorunlu olsun veya olmasın her türlü defterlerin açılış ve kapanış tasdikleri ile ara tasdikleri her türlü harç ve damga vergisinden muaftır.
3.Kooperatif ve üst kuruluşlarının, sahip oldukları kendi hizmet binaları bina vergisinden muaftır.
4.Ortakların kooperatiflerine, kooperatiflerin veya birliklerin de üst kuruluşlarına temlik edecekleri taşınmaz mallar veraset ve intikal vergisinden muaftır.
5.Bir ortağın ana sözleşmeye uygun olarak yapacağı isteğe rağmen yönetim kurulunun ortağın istifasını kabulden kaçınması halinde ortağın çıkma isteğini kooperatife bildirmesine ilişkin olarak noter vasıtasıyla yapacağı bildirim(KK Md.13) damga ve harçtan muaftır.
6.Kooperatifler kurumlar vergisi mükellefi olmakla birlikte, bir Kooperatifin kurumlar vergisi muafiyetinden yararlanabilmesi için;
-Sermaye üzerinden kazanç dağıtılmaması,
-Yönetim kurulu üyelerine kazanç üzerinden hisse verilmemesi,
-Yedek akçelerin ortaklara dağıtılmaması,
-Sadece ortakları ile iş görmesi
Şartlarını taşıması ve fiilen de bu şartlara uyması gerekmektedir.
Yapı kooperatiflerinin kurumlar vergisinden muaf olmaları için yukarıda belirtilen hususlara ek olarak,
-Kuruluşundan inşaatın bitim tarihine kadar yönetim ve denetim kurullarında söz konusu inşaat işlerini kısmen veya tamamen üstlenen gerçek kişilerle tüzel kişi temsilcilerine veya bunlarla ilişkili olduğu kabul edilen kişilere veya yukarıda sayılanlarla işçi ve işveren ilişkisi içinde bulunanlara yer vermemeleri(Kooperatif yönetim ve denetim kurulu üyelerinin kooperatif ile ticari ilişki içine girmemeleri),
-Yapı ruhsatı ile arsa tapusunun kooperatif tüzel kişiliği adına tescil edilmiş olması şartları aranmaktadır.
Kooperatiflerin kurumlar vergisi muafiyetinden yararlanabilmeleri için üst kuruluşa girme zorunluluğu bulunmamaktadır.
7.Üretim, Tüketim ve Kredi kooperatifleri Risturn istisnasından yararlanabileceklerdir.Tüketim kooperatiflerinde, ortakların kooperatiften alacakları kişisel ve ailevi ihtiyaçları ile ilgili gıda ve giyecek ürünlerinden sağlanan risturnlar; Üretim kooperatiflerinde ortağın kendisinin üretip kooperatife sattığı ve üretiminde kullanmak üzere kooperatiften satın aldığı malların değerine göre hesaplanan risturnlar, kredi kooperatiflerinde ise ortakların kullandıkları kredilere göre hesaplanan risturnlar kurumlar vergisinden muaftır.
8.Kooperatif ortaklarından (genel) yönetim gideri olarak tahsil edilen tutarlardan harcanmayarak ortağa iade edilen tutarlar kurumlar vergisinden muaftır.
9.Kooperatiflerin en az iki tam yıl süreyle aktiflerinde yer alan taşınmaz mal satışından doğan kazançların % 75’lik kısmı kurumlar vergisinden istisna edilmiştir.
10.Kooperatiflerin ortaklarından toplayarak bankaya yatırdıkları aidat bedellerinden mevduat faiz geliri elde etmeleri durumunda, elde edilen bu faiz vergi tevkifatına tabi tutulacaktır.
11.Kooperatiflerin sahibi oldukları taşınmazı 3. kişilere veya ortaklarına kiraya vermesi ortak dışı işlem niteliğinde olup, kurumlar vergisi muafiyetini ortadan kaldırır.
Kooperatifin taşınmazı, tevkifat yapmakla yükümlü gerçek ve tüzel kişilere kiralaması halinde bu kişiler kooperatife ödedikleri kira bedeli üzerinden ödeme sırasında vergi sorumlusu olarak tevkifat yapmak ve ilgili vergi dairesine beyan edip ödemek zorundadır.
Taşınmazın, tevkifat yapmakla sorumlu olmayanlara kiralanması halinde kira geliri tevkifata tabi tutulmadan tahsil edilecektir.Kooperatif bu geliri varsa o yılın diğer gelirleri ile birlikte beyan edip vergilendirecektir.
12.Kooperatifler,
-Çalıştırdıkları personele yaptıkları ücret ve ücret sayılan ödemeler ile yönetim ve denetim kurulu üyelerine yaptıkları ücret/huzur hakkı gibi ödemelerden,
-Kooperatife yaptıkları serbest meslek işleri dolayısıyla bu işleri icra edenlere yapılan ödemelerden(Muhasebeci, Avukat gibi),
-Birden fazla takvim yılına yayılı inşaat ve onarım işleri dolayısıyla bu işleri yapan gerçek ve tüzel kişilere nakden ve hesaben ödenen istihkak bedelleri üzerinden (avans olarak ödenenler dahil),
-Yaptıkları kira ödemelerinden,
-Ortak dışı işlemlerden elde edilen olumlu gelir gider farkının sermaye payları oranında ortaklara dağıtılması halinde dağıtılan bu paylardan,
-Yönetim kurulu başkan ve üyelerine olumlu gelir gider farkından ödenen paylardan,
-Çiftçilerden alınan zirai mahsullerden,
-Esnaf muaflığından yararlananlara mal ve hizmet karşılığı yapılan ödemelerden,
Gelir vergisi kesintisi yaparak ilgili vergi dairesine bildirmekle mükelleftir.
13.Kooperatifler ve kooperatiflerin imalat işlerini üstlenen müteahhit veya taşeronlar inşaat malzemesi alımı yaptıkları esnada Katma Değer Vergisi ödemekle mükellef olup, bu suretle ödedikleri KDV’nin iadesini talep edemezler.
14.İnşaat ruhsatını 29/07/1998 tarihinden önce alan konut yapı kooperatiflerine yapılan inşaat taahhüt işleri KDV’den muaf olmakla birlikte, inşaat ruhsatını anılan tarihten sonra temin eden konut yapı kooperatiflerine yapılan inşaat ve taahhüt işleri % 1 KDV’ne tabi olacaktır.
15.Konut yapı kooperatiflerince yaptırılan konutların ortaklara teslimi Katma Değer Vergisi’nden istisnadır.