Kooperatiflere EVK ile de bazı muaflıklar sağlanmıştır. EVK ‘nun 4. maddesinin p bendi 1163 sayılı Koop. K.na uygun olarak teşekkül eden kooperatifler ve bu kooperatiflerin kuracağı kooperatif birlikleri, kooperatif merkez birlikleri ve Türk Milli Kooperatifler Birliğinin ve Türk Kooperatifçilik Kurumunun sahip oldukları kendi hizmet binalarına daimi vergi muafiyeti sağlanmıştır.

Sanayi sitesi yapı kooperatifleri ile ilgili geçici muafiyet 5. maddenin f bendinde düzenlenmiştir. Bu hükme göre; organize sanayi bölgeleri ile sanayi ve küçük sanat sitelerindeki binalar, inşaatın sona erdiği tarihi takip eden bütçe yılından itibaren 5 yıl süre ile geçici muafiyetten faydalandırılır.

Kooperatifler Bina Vergisi’nden muaf olmakta birlikte, Arazi Vergisi’nden muaf tutulmamıştır. Ancak EVK ‘na göre, Sanayi ve Ticaret Bakanlığı’nca, organize sanayi bölgeleri için iktisap olunduğu veya bu bölgelere tahsis edildiği kabul edilen arazi, (Sanayi lehine tapudaki tescilin yapılacağı tarihe kadar) Arazi Vergisi’nden geçici şekilde muaf olmaktadır (EVK md.l5-d). Dolayısıyla sözkonusu arsa veya arazi üzerinde küçük sanayi sitesi kooperatifi kurulmuşsa, bu kooperatifin Arazi Vergisi geçici muaflığından yararlanması gerekir.