Yapı kooperatiflerinin yapı ruhsatı veya arsa tapusunun kooperatif tüzel kişiliği adına bulunmadığı durumlarda da muafiyetten yararlanılması mümkün değildir. Örneğin, inşaatı üstlenen müteahhit adına düzenlenecek bir yapı ruhsatı, yapı kooperatifinin muafiyetten yararlanmasını engelleyecektir. (2 Seri No.lu Kurumlar Vergisi Genel Tebliği’nin 1. maddesiyle değiştirilen cümle, Yürürlük; 22.04.2008) Henüz arsa temini veya inşaat aşamasına gelmemiş bulunan dolayısıyla, işyeri veya konut teminine yönelik faaliyeti bulunmayan kooperatifler için bu şartlar aranmayacaktır. Örneğin, arsa tapusu kooperatif tüzel kişiliğine ait olmakla birlikte, henüz inşaat aşamasına gelmemiş bulunan konut yapı kooperatifinden inşaat ruhsatına ilişkin şart aranmayacaktır.

T.C. Başbakanlık Toplu Konut İdaresi Başkanlığı, konut ihtiyacının karşılanması amacıyla konut ve arsa üretimi yapmakta olup yapı kooperatifleri, T.C. Başbakanlık Toplu Konut İdaresi Başkanlığı tarafından tahsis edilen arsa ve araziler üzerine konut veya işyeri yapabilmekte, ayrıca 1163 sayılı Kooperatifler Kanunu’na göre kurulan kooperatif birlikleri veya kooperatifler merkez birlikleri de kooperatiflere arsa temini veya tahsisinde görevli ve/veya yetkili olabilmektedirler.