Türkiye’de genel olarak kooperatif denetim kurulu üyeleri tarafından gerçekleştirilen iç denetim uygulaması, genel kurul toplantılarında çoğunlukla yönetim kurulu tarafından hazırlanan denetim kurulu raporlarının okunması işlemi ile sınırlı kalmaktadır. Denetim kurulu üyeleri, genellikle uzman olmayan kişilerden oluşmakta ve kanun ve anasözleşmeden kaynaklanan görev ve sorumluluklarını da yeterince bilememekte veya yerine getirmemektedir. Yine, ortakların denetimi de yılda bir yapılan genel kurul toplantılarında yöneticilerin ibrasında oy kullanma faaliyeti olarak gerçekleşmekte; yıl içerisinde kooperatifin iş ve işlemleri konusunda yöneticilerden bilgi alma ve denetçilerden bilgi isteme gibi en doğal ortaklık hakları dahi kullanılmamaktadır. Diğer taraftan, kooperatiflerde üst örgütlenmenin istenilen seviyeye ulaşmaması ve mevcut üst örgütlerin de yeterince güçlü olmaması nedeniyle, bu örgütlerde denetim kadroları istihdam edilememektedir. Bu anlamda, yol gösterici, eğitici, hataları en aza indiren bir üst kuruluş denetimi de gerçekleştirilememektedir. Ayrıca, kooperatifçilik alanında periyodik dış denetim sağlayan bağımsız bir denetim sisteminin bulunmaması, muhasebe işlemleri ve diğer işlerin standartlara uygun olarak yürütülmesinde, kooperatifin ve yöneticilerinin iş performanslarının incelenmesi gibi konularda eksikliğe yol açmaktadır.