e-Faturanın veri bütünlüğünün sağlanması ile kaynağının inkar edilemezliği Mali Mühürle ve 5070 sayılı Kanunla getirilen nitelikli elektronik sertifika ile garanti altına alınmaktadır. Elektronik imzanın ve Mali Mührün doğruluk ve geçerlilik kontrolünün ancak elektronik ortamda yapılabilmesi nedeniyle e-Faturanın kâğıda basılarak saklanması söz konusu değildir. Bu nedenle mükellefler, düzenledikleri ve aldıkları e-Faturaları, üzerindeki Mali Mühür veya elektronik imzayı da içerecek şekilde kanuni süreler dâhilinde kendi bünyelerindeki elektronik, manyetik veya optik ortamlarda muhafaza ve istendiğinde elektronik, manyetik veya optik araçlar vasıtasıyla ibraz edeceklerdir.”